从2010年举办第一届微软创新人才学院开始，该班每年招收20-30名计算机、信息科学、数学等专业的本科三年级学生，从7月到次年6月在微软亚洲研究院上课、实习。符合规定条件的同学可进入联合培养博士生项目，继续在微软亚洲研究院进行为期4年的学习和科研工作。
微软亚洲研究院为微软创新人才学院的同学们量身打造了高级软件工程，计算机领域前沿讲座系列以及科技英语等一系列课程。通过一年的培养，同学们不仅能够在研究员、开发经理的指导下开发出新的产品，有一些同学还投出了自己学术生涯中第一篇学术论文。
截至2015年6月，微软创新人才学院已有5届学生（共计130余人）顺利毕业。
学生项目展示
全功能的豆瓣客户端—“豆酱”
豆酱是基于Windows Phone平台的豆瓣第三方客户端，由来自第二届微软创新人才学院的5名同学合作完成。它支持图书、电影、音乐、活动、豆邮、动态等功能，不绑定账号也可以使用部分功能，还可以设置缓存，以节省流量，加快加载速度。
关键词追踪—Grow Search
Grow Search是一款帮助用户在搜索引擎中对某一话题进行持续关注的应用，由来自第三届微软创新人才学院的6名同学合作完成。在Grow Search中，用户可以自行添加感兴趣的话题（关键词），随着时间的发展，关于该话题的新闻、网页将以树可视化的形式展开，以实现话题的实时追踪。