为了支持基础研究、培养科研领域高素质人才，微软亚洲研究院自1998年成立以来，先后与中国14所一流高校开展博士生联合培养项目，力图为优秀的中国研究生提供在中国本土的世界级研究环境。在高校和微软亚洲研究院双方导师的共同指导下，联合培养博士生参与到世界一流的研究工作中，并在各自领域取得了一系列斐然的学术成绩。
时任微软亚洲研究院院长洪小文博士自项目启动之初就强调说，“联合培养博士生项目是微软亚洲研究院与高校合作培养创新研究人才的一种探索。各高校的优秀研究生可以通过在研究院四年的访问学习中，在资深研究员的指导下，挑战计算机领域的研究难题。希望联合博士生们可以在微软亚洲研究院的平台上，抓住参与研究院前沿研究项目的机遇，做出世界一流的研究，努力成为中国计算机产业的杰出人才。”
截至2015年9月，已有160余名优秀的国内研究生加入联合培养项目，已经毕业的100余名博士生中，或任职于国内外知名高校，在学术界崭露头角；或在工业界进行产研结合，推动前沿研究成果向产品的转化。十年来，联合培养博士生项目整合高校和微软亚洲研究院双方优势资源，在探索计算机领域创新人才的道路上踏出了坚定而有效的步伐。
“联合培养博士班要做的，就是充分发挥微软的研究资源优势，为学生们的成长成才创造好的环境，让他们在世界一流研究员的指导下进入科研角色，学会寻找并独立地追求自己的事业，为他们提供一个从学生变成学者的跳板。” 微软亚洲研究院学术合作部中国区经理马歆说。
陈雪锦
中国科学技术大学副教授，耶鲁大学博士后，中国科学技术大学-微软亚洲研究院2003级联合培养博士
刚到MSRA时，我几乎科研0经历，Mentor从编程到做DEMO，几乎手把手地教我，还帮我树立信心，教我主动向周围的“大牛”们请教。在老师不遗余力的帮助下，我有了在SIGGRAPH大会上做报告经历，有了去微软总部实习的机会，也收获了两篇“牛”论文作为科研生涯的起点。 是研究员们对我的帮助和指引，让我一步步地朝更高的目标前进。当我回到科大当老师的时候，我会不断地提醒自己，怎样成为一个好的老师，如何将我的学生一步步地引向更高的山峰。
任沛然
微软亚洲研究院副研究员，清华大学-微软亚洲研究院2008级联合培养博士，在读期间于SIGGRAPH大会上以第一作者身份发表2篇文章，获2011年微软学者奖学金
在微软读PhD的经历是我走上学术道路的开端。在这里，我就像一块海绵，不断的从老师、同事以及同学那里汲取营养。很庆幸我能有这样的机会，和一群大牛在一起钻研科学难题。在此期间，我的导师郭百宁老师像师长也像朋友，他的言传身教总能令我更清楚地认识到自己的成绩与不足。我的Mentor王嘉平老师和童欣老师手把手的指导让我很快进入了研究的状态。在我即将毕业之时，我毫不犹豫地选择留在了微软亚洲研究院。因为我相信在这 里，我可以和我的老师和同事们一起，创造更多更有价值的研究成果。