第二次世界大戦下、アメリカで立ち上げられた極秘プロジェクト「マンハッタン計画」。これに参加したオッペンハイマーは、優秀な科学者たちを率いて、世界で初となる原子爆弾の開発に成功する。しかし原爆が実戦で投下されると、その惨状を聞いたオッペンハイマーは深く苦悩するようになる。やがて冷戦がおこり、激動の時代の波に、オッペンハイマーはのまれてゆくのだった―。